Thuốc Wedes chống chỉ định trong các trường hợp sau: Không nên dùng azathioprin cho người bệnh mẫn cảm với thuốc. Không dùng cho người mang thai. Người viêm khớp dạng thấp đang điều trị với các thuốc alkyl hóa (cyclophosphamid, clorambucil, melphalan...), không được dùng cùng với azathioprin vì nguy cơ sinh ung thư và nhiễm khuẩn.
Thận trọng khi sử dụng
Khả năng gây ung thư của azathioprin còn đang tranh cãi, tuy nhiên nguy cơ thúc đẩy u phát triển đã được xác định, có nghĩa là thuốc làm cho các tế bào tiền ung thư đang ở trạng thái tiềm ẩn phát triển thành u nhanh hơn và xuất hiện ung thư sớm hơn.
Tỉ lệ các chất chuyển hóa khác nhau ở mỗi người, nên mức độ và thời gian tác dụng thuốc cũng khác nhau. Cần theo dõi cẩn thận tình trạng ban đầu các trường hợp suy gan hay suy thận, phụ nữ có thai, người lớn tuổi (theo dõi công thức máu).
Đối với các bệnh tự miễn nếu không có tiến triển sau 12 tuần dùng thuốc thì cần ngưng điều trị bằng thuốc này. Để xa tầm tay trẻ em.
Khả năng lái xe và vận hành máy móc
Không có dữ liệu về tác dụng của thuốc trên khả năng lái xe hoặc vận hành máy móc. Nên thận trọng khi lái xe hoặc vận hành máy móc nguy hiểm.
Thời kỳ mang thai
Azathioprin qua được nhau thai. Tránh dùng ở phụ nữ có thai.
Thời kỳ cho con bú
Thuốc cũng có trong sữa mẹ và không dùng cho bà mẹ đang cho con bú.
Tương tác thuốc
Cũng như với 6 - mercaptopurin, alopurinol phối hợp với azathioprin có thể làm tăng độc tỉnh, do alopurinol ức chế xanthin oxidase là enzym tối quan trọng trong dị hóa nhiều purin, kể cả 6 - mercaptopurin. Nói chung, tốt nhất là tránh dùng 2 loại thuốc này với nhau. Khi buộc phải dùng phối hợp nên giảm liều azathioprin 25 - 33% so với liều azathioprin thường dùng đơn độc.
Các thuốc ảnh hưởng đến tạo bạch cầu, kể cả co - trimoxazol, có thể làm giảm bạch cầu mạnh, đặc biệt ở người ghép thận.
Thuốc ức chế enzym chuyển angiotensin để chữa tăng huyết áp cho người đang dùng azathioprin sẽ gây giảm bạch cầu nặng.
Azathioprin có thể ức chế tác dụng chống đông của warfarin.